לכל לוקוס MHC Class II יש שלוש אפשרויות קיימות מכל הורה, ולכן ישנן שש אפשרויות צירופיות משולבות שונות ל-MHC Class II. כל לוקוס בגנום מקודד את השרשרת α והשרשרת β המרכזיות של MHC Class II. ההורה יכול לתרום אחת מתוך שלוש אפשרויות צירופיות קיימות לכל לוקוס, ובכך מתקבלות שש אפשרויות צירופיות כוללות בגנום. אנא שים לב שההושנות בין MHC Class I ל-MHC Class II מתייחסת למגוון האללים בכל לוקוס ולא למספר האפשרויות הצירופיות.