התאוריה הסופראופטימלית (עיכוב צמיחת הפקעים הצדדיים ע"י כמות גבוהה של אוקסין) אינה מקובלת יותר כיום להסבר הבקרה של השלטון הקודקודי בין השאר בגלל הממצאים ש:

רמת האוקסין משתנה ודינאמית בצמחים, ולא קבועה. האוקסין פועל יחד עם הציטוקינין בתופעת השלטון הקודקודי, והוא (ולא הציטוקינין) נחשב להורמון החשוב והעיקרי בתופעה. רמת האוקסין בפקעים הצדדיים עולה בבירור לאחר קיטום קודקוד הצמיחה, עקב שבירת עיכוב האוקסין את עצמו.