בעיה בהשתלת הצואה היא השונות בין המיקרוביום השונה בין אדם לאדם, באופן כזה לא תמיד השתלת הצואה האופטימלית תתאים לכל האנשים. הסברים אפשריים ליעילות ופעילות השתלת צואה: