תנאי pH קיצוניים, חומציים מאוד או בסיסיים מאוד, יכולים להשפיע באופן משמעותי על הפירוק החיידקי של PAHs. לרוב המיקרואורגניזמים המעורבים בפירוק של PAHs יש טווח pH אופטימלי שבו הם יכולים לשגשג ולפרק ביעילות את התרכובות הללו. אם ה-pH חורג יותר מדי מהטווח האופטימלי הזה, זה יכול לעכב את הפעילות והצמיחה של המיקרואורגניזמים האחראים לפירוק PAH, ובכך להגביל את תהליך הפירוק הכולל.