בעת הפעלה של מערכת החיסון הנרכשת, גם אפיניות נמוכה בין החיישן לבין האנטיגן יכולה לגרום לתגובה. מאפיין זה יכול להוות בעיה משום ש:

מצד אחד העובדה שפתוגן יכול להפעיל את מערכת החיסון הנרכשת גם על ידי קישור חלש לחיישן, מספקת יתרון גדול לאור המגבלה על מספר החיישנים שהמערכת יכולה לבטא בכל רגע נתון. מצד שני, הפעלה בקישור באפיניות נמוכה מגדילה את הסיכוי לקשור אנטיגן עצמי, דבר שבמקרה הטוב נגמר בנזק עצמי בעת הדלקת ובמקרה הרע בהתחלה של מחלה אוטואימונית.