בלוטת הלימפה מורכבת משלושה אזורים עיקריים:
קורטקס (Cortex): זהו האזור החיצוני של בלוטת הלימפה. בקורטקס ממוקמים תאי הלימפוציטים הקטנים, המוכנים לתגובה חיסונית מהירה.
פרה קורטקס (Paracortex): הפרה קורטקס ממוקם בין הקורטקס לבין המדולה. באזור זה ממוקמים תאי הלימפוציטים ה-T וה-B, השותפים לתהליך החיסון. כאן נמשכת התגובה החיסונית הממושכת והמתקדמת.
מדולה (Medulla): זוהי החלק הפנימי של בלוטת הלימפה. במדולה ממוקמים סיבים לימפטיים, תאי פלזמה, ועוד תאים חיסוניים. כאן נערכים המפגשים הסופיים עם החיידקים והחומרים הזרים, ונכנסים לפעולה המתקדמת של תגובה חיסונית.