מעבר פרוטונים דרך CF0 גורם לתנועה סיבובית של תת-יחידה gamma ,דבר המביא לשינויי מבנה באתרי הקישור לנוקלאוטידים. שינויי מבנה אלה משנים את אפיניות האתרים לנוקליאוטידים, ובכך מבקרים את קישורם לאתר או שחרורם.