פירידוקסין הוא חיוני למטבוליזם של חומצות אמינו, ולמחסור בו יש השפעה על עיבוד החלבונים, הייצור של נוירוטרנסמיטורים, ותפקודים ביוכימיים אחרים. מחסור ב-B6 יכול לפגוע במטבוליזם, לגרום לעייפות, דיכאון, ופגיעה בבריאות הכללית, אך הוא לא גורם ישיר להשמנת יתר.
השמנת יתר נובעת בעיקר מאי איזון בין צריכת האנרגיה להוצאתה, כלומר צריכה עודפת של קלוריות ביחס להוצאה האנרגטית של הגוף. תהליכים מטבוליים שנפגעים כתוצאה ממחסור בפירידוקסין עשויים להשפיע על הוויסות של רעב ושובע, וכן על רמות אנרגיה, אך הקשר להשמנה הוא עקיף מאוד.