א-רזולוציה אנרגטית מסדר גודל דומה- מאות בXRF ובEDS כתלות בגלרי בין 120eV(SiLi) עד 140ev(IGa).
ב- רזולוציה לטרלית של TEM בהכרח טובה יותר שכן יורים קרן אלקטרונים מפוקסת לנקודה ספציפית עם שטח חתך קטן לאינטרקציה לעומת קרני X שלא ניתן למקד בכלל.
ג- בTEM יתכנו בעיות טעינה לדגמים אורגניים.