לרשותך עומד קובץ ממוחשב המכיל את הרצף של כל גנום צמח הצבר אשר רובו בנוי מהרצפים שבין הגנים. הקובץ מפוענח (annotated) ברמה שהוא מזהה את כל הגנים המקודדים למסגרות קריאה (ORF) של חלבונים. אנליזהשל קובץ זה מאפשרת

אם יש לנו את כל רצף הדנ"א של הצמח אך אנחנו מזהים רק את איזורי ה ORF משמע מתחילת הקודון תחל. רנ"א לא מקודד לא בהכרח קרוב לORF אז אין לנו מידע מספיק. אנהנסרים יכולים להיות עד אלפי נוק' מהאיזור המקודד אז זה לא מתאים. פרומוטרים הם צמודים לאיזור 5 UTR. שהוא בדכ באורך אופייני ולכן ניתן לזהות אותם בערך עלפי המרחק שלהם מהORF. בשביל רמת ביטוי גנים צריך להפיק רנ"א או חלבון.