שרשרת מעבר האלקטרונים מתרחשת בלי קשר לפולריזציה בין צידי הממברנה ולכן גם העברת הפרוטונים לחמצן. הקומפלקסים בשרשרת מעבר האלקטרונים מוציאים פרוטונים, יוצרים סביבה חיובית בחוץ ושלילית בפנים, הכנסת פרוטונים פנימה מבטלת את הפולריזציה ולא מגבירה אותה. ATP סינטז לא יפעל אם אין פולריזציה להשתמש בה כדי להעביר פרוטונים עם מפל הריכוזים ליצירת ATP ולכן ייצור ATP יעוכב