במסגרת עבודת הדוקטורט של יעקב פותח גלאי (prob) בגודל של 250bp ספציפי ללוקוס מסוים בגנום הסוס. הגלאי הזה הראה שונות (התקבלו בנדים שונים) בין פרטים שונים לאחר תהליך ה-southern blot, כאשר ה-DNA של הפרטים השונים נחתך באנזים Msp I (חותך באתרי CCGG). בעבודה בלתי תלויה, התפרסם (בבנק הגנים) רצף של לוקוס מסוים (בגודל של 20kb) שככל הנראה קשור בתכונת הכושר הגופני של סוסים. לאחר שיעקב השווה את רצף הגלאי שלו לרצף של הלוקוס שהתפרסם, נמצא שרצף הגלאי מתאים ב-100% ומהווה חלק מהלוקוס שככל הנראה קשור לכושר הגופני בסוסים. במטרה לבדוק האם ניתן להשתמש בגלאי הזה בתור סמן RFLP לכושר גופני בסוסים, נלקחו 100 סוסים עם כושר גופני טוב ו-100 סוסים עם כושר גופי לא טוב, והופק מהם DNA לצורך ניתוח. לאחר חיתוך ה-DNA באנזים Msp I התקבל דגם בנדים שונה בין סוסים עם כושר גופני טוב לאלו עם כושר גופני לא טוב, כאשר עבור כל הסוסים עם כושר גופני לא טוב התקבל בנד אחד בגודל של 10kb ואילו עבור כל הסוסים עם כושר גופני טוב התקבלו 2 בנדים (בגודל של 4kb ו-6kb). יעקב וצוות המעבדה שלו נדהמו מהתגלית והחליטו לאתר את המוטציה שהביאה ליצירת "אללים" שונים של הסמן. לאכזבתם, הם לא איתרו שום מוטציה באזור הרצף של הגלאי, ויתרה מזה הם לא מצאו שום מוטציה ברצף השלם של ה-20kb בין סוסים עם כושר גופני טוב לאלו עם כושר גופני לא טוב. להלן תרשים סכמתי של הלוקוס, הכוללים מיקום אתרי החיתוך של האנזים Msp I ואת מיקום הגלאי (prob). מה ההסבר הסביר ביותר לתוצאות הללו?