ב . בתהליך יצירת חסרים מכוונים באחד מקצות הגן (deletion with an intact end) מספר שלבים מסומנים מ-1 עד 6 (ללא סדר): 1. הפעלת אנזים Bal31. 2. פלסמיד המכיל גן משובט בין שני אתרי רסטריקציה A ( ( EcoRI ו- ( EcoRI) B, נחתך באתר B. 3. חיבור linker המכיל אתר רסטריקציה -C, באמצעות האנזים ligase. 4. ליגציה לווקטור נוסף החתוך באנזימים A ו-C . 5. חיתוך הגן באמצעות האנזימים A ו-C. 6. הפעלת nuclease S1.