מתבסס על קרן אור אבל מדובר באור באורכי גל מסויימים שנבלעים ע"י מולקולות שנמצאות באותן יצורים שאנו רוצים לראות. המולקולה בולעת את האנרגיה והיא הופכת להיות מעוררת ואז היא צריכה לרדת ברמה והיא משחררת אנרגיה מסויימת. במיקרוסקופ זה משתמשים כאשר לדוגמא רוצים לתת חומר לאיזה חיידק ולראות את ההקרנה שלו. אפשר לראות בו מספר סוגים של חיידקים. לא חייבים להרוג את החיידקים. אפשר להשתמש בו על מנת לראות תפקודים של חומרים מסויימים.