הסיבוך השכיח ביותר של אנדוקרדיטיס הוא אי ספיקת לב.
הפגיעה במסתמי הלב שנגרמת כתוצאה מהדלקת באנדוקרד (השכבה הפנימית של הלב) יכולה להוביל לאי ספיקת לב עקב פגיעה ביכולת של המסתמים לתפקד בצורה תקינה.
שאר האפשרויות:
שבץ מוחי – יכול להתרחש כסיבוך כתוצאה מתסחיפים שנוצרים באנדרוקרדיטיס, אך הוא פחות שכיח מאי ספיקת לב.
אוטם שריר הלב – אינו סיבוך שכיח של אנדוקרדיטיס.
אי ספיקת כליות – יכולה להתרחש במקרים מסוימים אך אינה הסיבוך השכיח ביותר