ספירה במיקרוסקופ (חייבים לצבוע את החיידקים וזה הורג אותם). כיום יש שיטות מתוחכמות טכנולוגית שאפשר לחבר מצלמה למיקרוסקופ, זה עובר למחשב והוא מעבד את הנתונים.