האיבר הראשון שנפגע כתוצאה מעליה ברמת האמוניה הוא המוח

כאשר יש עודף אמוניה, האמוניה מגיעה לדם ומשם לכבד. הכבד "לא מתמודד" עם עודף האמוניה והאמוניה נכנסת למחזור הדם ומשם למוח. הגוף משקיע אנרגיה לטפל בבעיית האמוניה מאשר לייצר אנרגיה חדשה (מעגל קרבס) וכך תפקוד המוח נפגע