ניקור מותני – לצורך אבחנה סופית של דלקת קרום המוח, יהיה צורך בניקור מותני כדי לאסוף נוזל שדרה (CSF). במסגרת ההליך מחט מוחדרת אל בין החוליות אל תעלת השדרה ונשאבת כמות קטנה של נוזל. אצל אנשים עם הדלקת, ה-CSF מראה לעיתים קרובות רמת סוכר נמוכה יחד עם ספירת תאי דם לבנים מוגברת וחלבון מוגבר.
עיבוד מעבדתי של נוזל CSF עשוי גם לעזור לרופא לזהות איזה חיידק גרם לדלקת. אם הרופא חושד במנינגיטיס נגיפית, הוא עשוי להזמין בדיקה מבוססת DNA המכונה PCR או בדיקה לבדיקת נוגדנים כנגד נגיפים מסוימים כדי לקבוע את הגורם הספציפי והטיפול המתאים.