ההבדל בין ארגון מטריצה חלשה לבין ארגון פונקציונאלי הוא שבמטריצה חלשה מנהל הפרויקט מבצע תיאום עם ראשי המחלקות לעומת ארגון פונקציונאלי בו מנהל הפרויקט עושה תיאום גם בין חברי הצוות