במבנה פונקציונלי כל מחלקה עומדת בפני עצמה:

• לכל עובד יש מנהל אחד ברור – העובדים כפופים למנהל המחלקה • חברי הארגון מקובצים לפי סוג ההתמחות שלהם (ייצור ,שיווק ,הנדסה וכו') • כל מחלקה מבצעת את העבודה בנפרד מהמחלקות האחרות, בפני עצמה • תיאום הפרויקט נעשה בין המנהלים הפונקציונליים (מנהלי המחלקה)