יש סכנה וחשש שבשימוש בשמרים שאינם "מתורבתים" להכנת מוצרי מאפה בירה ויין כי בהיותם שייכים למשפחת הפטריות הם עלולים להפריש מיקוטוקסינים למזון. יש שמרים פתוגנים לבני אדם והם עלולים לגרום למגוון מחלות. שמרים מצטיינים בעמידות לריכוזי סוכר גבוהים וליכולת לגדול בסביבות חומציות.