ב . בתהליך יצירת חסרים מכוונים באחד מקצות הגן (deletion with an intact end) מספר שלבים מסומנים מ-1 עד 6 (ללא סדר):
1. הפעלת אנזים Bal31.
2. פלסמיד המכיל גן משובט בין שני אתרי רסטריקציה A ( ( EcoRI ו- ( EcoRI) B, נחתך באתר B.
3. חיבור linker המכיל אתר רסטריקציה -C, באמצעות האנזים ligase.
4. ליגציה לווקטור נוסף החתוך באנזימים A ו-C .
5. חיתוך הגן באמצעות האנזימים A ו-C.
6. הפעלת nuclease S1.