התורמים העיקריים ליצירת גרדיינט הפרוטונים בין שני צדי ממברנת התילקואיד הינם: פירוק
+ המים בלומן, חיזור PQ על ידי PSII ,חימצון PQ על ידי קומפלכס הציטוכרומים, וחיזור NADP
.
] [ .הוספת DPIP לתרחיף של אצות תגדיל בצורה מלאכותית את כמות האקספטורים
לאלקטרונים, ולכן תגביר את קצב שחרור החמצן. לעומת זאת, הוספת DCMU תקטין את רמת
הפלואורסנציה של כלורופיל, מאחר וקצב העברת האלקטרונים בשרשרת הובלת האלקטרונים
הפוטוסינתטית יגבר.
מעבר פרוטונים דרך CF0 גורם לתנועה סיבובית של תת-יחידה gamma ,דבר המביא
לשינויי מבנה באתרי הקישור לנוקלאוטידים. שינויי מבנה אלה משנים את אפיניות האתרים
לנוקליאוטידים, ובכך מבקרים את קישורם לאתר או שחרורם.
המושג photoinhibition מציין את התופעה שקצב הפוטוסינתזה נמוך יותר בעוצמות אור
גבוהות מזה שבעוצמות אור בינוניות. תופעה זו נובעת מנזקים חימצוניים בעיקר ב-PSI.
המושג transition state מציין את יכולתה של המערכת הפוטוסינתטית להפסיק את
פעילותן
של כל אחת ממערכות האור באופן סלקטיבי ובכך להקטין את הסיכוי לנזקי חמצון בעוצמות אור
גבוהות.